Известность пришла к актрисе в 1995 году благодаря роли мамы Энн в картине Карена Шахназарова «Американская дочь».

В 1999 году Марию Шукшину пригласили на «Первый канал» стать соведущей телепередачи «Жди меня». В течение 16 лет зрители наблюдали, как она сопереживала героям передачи, помогая людям найти потерянных родственников. В 2018 году вела передачи «В гости по утрам» и «Рецепты счастья» на том же телеканале.

Среди других заметных работ актрисы – роли в фильмах «Утомлённые солнцем 2: Предстояние», «Дело гастронома №1», сериалах «Станица», «Своя чужая», «Серебряный бор».

В 2017 году Мария Шукшина впервые вышла на театральную сцену в спектакле «Калина красная» в театре «Русская песня», где сыграла роль Любы Байкаловой – персонажа, которого в одноимённом фильме воплотила её мама.

Окончила МГУ им. М.В. Ломоносова по специальности «Искусствоведение» и получила экономическое образование (ВГИК им. С.А. Герасимова) по специальности «Продюсер». Преподает маркетинг на кафедре дистрибьюции и маркетинга и на Высших курсах кино и телевидения ВГИК с 2007 года. Читает лекции в Питтсбургском университете, США.

А также выступает в качестве спикера на конференциях по развитию кинематографии, делает доклады на мероприятиях, посвященных поддержке и продвижению отечественного кино. Неоднократно становилась членом жюри крупных российских и международных кинофестивалей. Автор постоянной ежемесячной рубрики «Индекс предпринимательских настроений в киноиндустрии».

Член гильдии продюсеров и организаторов кинопроцесса Союза кинематографистов РФ, экс-руководитель научного департамента киностудии «Союзмультфильм».

Активно занимается развитием отечественной анимации: выступает с лекциями и мастер-классами, курирует образовательные проекты и является генеральным продюсером Всероссийского фестиваля студенческого и дебютного анимационного кино «Гнездо». Продюсировал анимационный фильм «Булгаковъ», удостоенный премий «Золотой орёл» и «Ника» в номинации «Лучший анимационный фильм».